Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi bidang masalah yang paling mengganggu pada santri di Pondok Pesantren Yogyakarta. Penelitian ini menggunakan metode kuantitatif dengan jenis survey. Penelitian ini menggunakan kuesioner yang diberikan kepada 445 santri kelas VII di dua Pondok Pesantren di Kota Yogyakarta. Alat ungkap masalah umum digunakan untuk mengidentifikasi bidang masalah pada santri di Pondok Pesantren. Instrumen ini terdiri dari 225 item pernyataan dan 10 bidang masalah, meliputi: (1) Jasmani dan Kesehatan (JDK); (2) Diri Pribadi (DPI); (3) Hubungan Sosial (HSO); (4) Ekonomi dan Keuangan (EKD); (5) Karier dan Pekerjaan (KDP); (6) Pendidikan dan Pelajaran (PDP); (7) Agama, Nilai dan Moral (ANM); (8) Hubungan Muda Mudi (HMM); (9) Keadaan dan Hubungan dalam Keluarga (KHK); dan (10) Waktu Senggang (WSG). Data yang dikumpulkan kemudian dianalisis untuk mengidentifikasi paling banyak item yang mengganggu disetiap bidang masalah. Hasilnya menunjukkan bahwa bidang masalah yang paling mengganggu santri di Pondok Pesantren adalah bidang hubungan sosial (HSO) 34.08% rata-rata santri yang memilih sebanyak 10 orang, bidang diri pribadi (DPI) 35.8% rata-rata santri yang memilih sebanyak 8 orang dan bidang jasmani dan kesehatan (JDK) sebesar 30.77% rata-rata santri yang memilih sebanyak 8 orang.