Problem mendasar dalam proses pengajaran studi Islam di UIN, IAIN, dan STAIN, juga perguruan tinggi berbasis ilmu-ilmu keislaman lainnya adalah menyangkut persoalan metodologi pengkajian Islam itu sendiri. Selama ini para pengajar “terbaca” sehagai pihak yang kurang memahami dengan baik persoalan metodologi dimaksud. Boleh jadi, eksplorasi matakuliah-matakuliah tertentu--cabang-cabang keilmuan Islamic studies sudah mendetail, namun asumsi-asumsi dasar dan kerangka teori yang digunakan oleh bangunan keilmuan tersebut lepas begitu saja. Penyebab utamanya adalah kegagalan penguasaan atas metodologinya, Sudah barang tentu, implikasi dan konsekuensi pada lokus praksis yang dimungkinkan bahkan dicanangkan oleb cabang-cabang keilmuan itu terlepas pula begitu saja. Atau dalam arti lain, kajian atas studi keislaman menjadi sesuatu yang normatif, utopis--tidak menjejak, Akibat dari pola baca yang sekadar puas menikmati kulit dan membuang isi tersebut menyebabkan “seolah-olah” terjadi inkompatibilitas antara Islam dengan sekian unsur modernitas (Misalnya; isu-isu perempuan, hak asasi manusia, kebebasan beragama, dan pluralisme).