Bagi seorang muslim status halal suatu produk pangan maupun non-pangan harus terpenuhi secara mutlak, begitu juga dengan produk kosmetik. Kosmetik terdiri dari berbagai bahan dan yang menjadi titik kritis status kehalalan suatu produk kosmetik adalah kompleksitas komposisi produk kosmetik yang memungkinkan penggunaan bahan dasar yang berasal dari babi seperti  gelatin, asam lemak, gliserin dan kolagen yang mana bahan-bahan tersebut adalah bahan yang sangat umum digunakan dalam pembuatan produk kosmetik. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk untuk mengoptimasi metode isolasi DNA pada beberapa jenis sampel kosmetik untuk uji halal berbasis molekuler. Penelitian dilakukan dalam tiga tahap, yaitu ekstraksi DNA, amplifikasi dan analisis rt-PCR, dan tahap terakhir adalah visualisasi dengan media elektroforesis gel agarose. Optimasi isolasi DNA dilakukan dengan tiga metode yang berbeda, yaitu dengan menggunakan kit isolasi DNA QIAamp® DNA Mini Kit (QIAGEN), isolasi dengan laruta phenol-chlororoform GENEzol™ (Geneaid), dan menggunakan campuran resin Chelex-TE 10%. Hasil menunjukkan bahwa metode isolasi terbaik dari ketiga metode yang dilakukan adalah metode isolasi DNA dengan menggunakan QIAamp® DNA Mini Kit (QIAGEN) yang mana berdasarkan visualisasi elektroforesis metode ini dapat mengisolasi DNA dari semua sampel.