Dikotomi antara ilmu agama dengan ilmu umum pada sistem pendidikan tidak perlu terjadi sebab iman dan pengetahuan faktanya tidak dapat dipisahkan. Keduanya seperti dua sisi yang saling terkait, agama tanpa ilmu rapuh dan ilmu tanpa agama lumpuh. Iman tanpa pengetahuan membawa manusia kepada kehidupan yang apatis, sedangkan pengetahuan tanpa iman akan menjerumuskan manusia ke dalam suatu kerusakan. Tujuan penelitian ini dimaksudkan untuk menelisik integrasi nilai-nilai agama islam dengan nilai-nilai ilmu pengetahuan di Fakultas Kedokteran UNISSULA Semarang. Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif yang bersifat deskriptif. Teknik pengumpulan data diperoleh dari wawancara, observasi, dan dokumentasi. Uji keabsahan data menggunakan triangulasi data untuk memperoleh data yang kredibel. Hasil penelitian menunjukkan Pelaksanaaan pembelajaran PAI menyinergikan ilmu pengetahuan, yaitu antara ilmu pengetahuan umum dan ilmu keisalaman yang dapat diistilahkan sebagai islamisasi ilmu pengetahuan.  Islamisasi ilmu pengetahuan di Fakultas Kedokteran UNISSULA Semarang didukung oleh seluruh sumber daya manusia yang dalam hal ini ialah peran penting seorang pendidik. Pendidik atau dosen di Fakultas Kedokteran UNISSSULA dalam team PAI3 merancang, dan menerapkan pendidikan nondikotomik dengan  mengikuti pelatihan.