Secara umum penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan tentang analisis desain pengembangan muatan lokal pendidikan agama islam di SMA Muhammadiyah Kudus. Penelitian dilakukan menggunakan pendekatan kualitatif dengan rancangan studi kasus.Teknik pengumpulan data menggunakan observasi, wawancara mendalam, dan studi dokumentasi. Pengecekan kredibilitas data dilakukan dengan teknik triangulasi (sumber dan teknik/metode), member checks, dan kecukupan bahan referensi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa efektifitas desain pengembangan muatan lokal pendidikan agama Islam pada pembelajaran pendidikan agama Islam di SMA Muhammadiyah Kudus memberikan efek positif pada pembelajaran pendidikan agama Islam. Hal ini dibuktikan dengan hasil wawancara dengan kepala sekolah dan guru-guru pendidikan agama Islam bahwa dengan adanya muatan lokal pendidikan agama Islam memudahkan siswa dalam memahami dalil naqli, sebab pembiasaan yang dilaksanakan pada muatan lokal pendidikan agama Islam dan pengetahuan siswa lebih matang tentang pendidikan agama Islam