Kajian tentang  pendidikan multikultural, kaitannya dengan penguatan paham moderasi di pesantren penting dilakukan, mengingat Pendidikan Islam di berbagai lembaga pendidikan ditengarai belum mencapai pada substansi penghayatan nilai keagamaan dan praktik keagamaan pluralis-multikultural. Fenomena tersebut sangat berpengaruh pada tumbuhnya sikap ekslusif dan fanatisme buta, bahkan cenderung “radikal” bagi anak didik. Sistem pendidikan integralistik, humanis, toleran dan moderat di negara kita, sebenarnya telah ada sejak dulu yaitu pondok pesantren.  Oleh karena itu, penelitian tentang pendidikan multikultural dalm penguatan paham moderasi dengan mengambil kasus yang terjadi di Ma’had Aly PPSS Situbondo ini penting dilakukan. Penelitian ini menghasilkan temuan, bahwa penerapan pendidikan multikultural dilakukan melalui dua cara, yaitu: Pertama internalisasi nilai, tahap additive level (penambahan)  dan tahap transformative level (perubahan). Kedua  pola transformasi dimensi nilai, meliputi: (1). Conten Integration  (integrasi budaya); (2). The Knowladge Construction Process (Konstruksi budaya dalam pengetahuan); (3) An equality of Pedagogment  (penyesuaian metode pembelajaran); (4). Culturally Sensitive Teaching Strategies; (interaksi  dalam  pengajaran);  dan (5).  Prejudice Reduction in Instructional.