Pandangan Islam terhadap pendidikan perlu menjadi basis bagi penyelengaraan pendidikan ummat manusia. Dalam sistem pendidikan Islam, pendidikan agama berfungsi integratif seluruh kecerdasan manusia sebagai fitrah manusia, tetapi fokus pendidikan agama Islam adalah pencerdasan spiritual. Karena Pendidikan agama Islam adalah upaya pengembangan fitrah keberagamaan peserta didik sehingga mampu memahami , menghayati, dan mengamalkan ajaran-ajaran agama Islam secara benar. Oleh sebab itu, Substansi pendidikan agama transformatif adalah pendidikan agama yang menjadikan seseorang cerdas secara spiritual dalam menghadapi perubahan.Untuk mendukung pengembangan kecerdasan spiritual sebagai pendidikan agama Islam transformatif, esensi materi ajaran agama Islam adalah nilai-nilai insaniah dan ilahiyah yang dengannya manusia menjadi cerdas dalam memahami dan menghayati makna kehidupan. Dalam mengembangkan kecerdasan manusia, Allah telah menyediakan instrumen-instrumen fundamental sebagai ilmu pengetahuan, yaitu: pendengaran, penglihatan, dan hati (fuad/qalb). Parameter kecerdasan spiritual adalah kemampuan seseorang menyelesaikan persoalan dunia yang dihadapi berdasarkan hati nurani. Dengan demikian pendidikan agama dapat mencerdaskan spiritual karena memberikan kebebasan hati nurani untuk menghayati dan mengekspresikan keberagamaannya dalam konteks perubahan sosial. Dengan kecerdasan spiritual, menjadikan penghayatan keberagamaan seseorang tampil dalam perilaku yang cerdas dan arif dalam menghadapi perubahan.