Dewasa ini, pesantren yang dikelola oleh Persyarikatan Muhammadiyah mengalami transformasi, baik secara institusional maupun secara kultural. Selain mengembangkan MBS (Muhammadiyah Boarding School), pesantren Muhammadiyah juga mulai berorientasi substansi yang baru, yaitu trensains (pesantren sains). Seiring dengan berkembangannya boarding school (sekolah berasrama) dan smart school (sekolah pintar) karena animo dan harapan masyarakat yang semakin tinggi terhadap pendidikan bermutu dan dapat menjamin terbentuknya karakter dan akhlak mulia pada diri peserta didik, maka Muhammadiyah merasa terpanggil untuk berkontribusi positif dalam pengembangan dan pemajuan MBS dan pontrenMu lainnya. Transformasi ini lebih dikenal dengan integrasi keilmuan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi integrasi keilmuan pada pesantren khususnya Muhammadiyah Boarding School (MBS) Ki Bagus Hadikusumo Jampang Bogor. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif yang bersifat deskriptif. Adapun data diperoleh melalui observasi, wawancara dan juga studi dokumentasi. Sedangkan analisis data menggunakan teori Miles Huberman (reduksi data, display data, dan conclusion). Hasil penelitian menunjukkan bahwa MBS Ki Bagus Hadikusumo Jampang Bogor merupakan salah satu model pesantren modern yang dikembangkan oleh Persyarikatan Muhammadiyah. Dalam implementasi pembelajarannya berpedoman kepada kurikulum nasional dan kurikulum pesantren. Sehingga terjadi integrasi keilmuan di MBS Ki Bagus Hadikusumo Jampang Bogor yang menghasilkan ulama yang intetektual dan intelektual ulama.