Penelitian ini dilakukan guna mengetahui kevalidan, keefektifan, dan kepraktisan dari e-modul supaya dapat benar-benar layak digunakan untuk meningkatkan kemampuan literasi sains peserta didik. Jenis peneitian ini yaitu pengembangan dengan model penelitian 4D yaitu (1) pendefinisian, (2) perancangan, (3) pengembangan dan (4) penyebarluasan. Penelitian ini dilaksanakan di SMA Negeri 11 Purworejo dengan subjek penelitian pada uji coba terbatas 5 peserta didik dan uji coba luas pada X MIPA 3 yang berjumlah 20 peserta didik. Berdasarkan hasil penelitian diperoleh: (1) hasil validasi oleh dua dosen validator ahli terhadap e-modul menggunakan aplikasi 3D PageFlip Professional mendapatkan skor rata-rata 3,13 dengan uji reliabilitas pada validasi ini menunjukkan 97,25 %. (2) hasil kepraktisan yang dinilai oleh dua observer selama pembelajaran mendapatkan skor rata-rata 3,72 dari keseluruhan aspek dan masuk dalam kategori sangat praktis dengan uji reliabilitas 98 %. (3) hasil keefektifan ditinjau dari 3 aspek yaitu hasil pretest posttest dan N-gain, respon peserta didik, dan aktivitas peserta didik. Nilai hasil pretest menunjukkan nilai rata peserta didik yaitu 59,1 dan nilai posttest menujukan nilai rata peserta didik yaitu 83,3 dan memperoleh kriteria N-gain 0,58  dengan kategori sedang. Respon peserta didik memperoleh presentase 95 % dengan kategori sangat baik. Aktivitas peserta didik yang dinilai oleh dua observer memiliki kategori aktivitas yang sangat baik.  Dengan demikian e-modul menggunakan aplikasi 3D PageFlip Professional dalam penelitian ini dinyatakan valid, efektif dan praktis sehingga layak untuk meningkatkan kemampuan literasi sains sains peserta didik