Artikel ini bertujuan untuk mendeskripsikan kondisi riil Madrasah Dininyah di kota Yogyakarta beserta dinamikanya; political will dan political action pemerintah c.q Kemenag Kota Yogyakarta mengatur keberadaan dan pelaksanaan pendidikan keagamaan oleh Madin; serta apa saja tantangan yang dihadapi Kemenag kota Yogyakarta dalam membina Madin. Jenis metode dalam penelitian ini adalah kualitatif dengan menggunakan tipe penelitian deskriptif analitik. Hasil dari penelitian menunjukkan 1) Madin-Madin tdi kota Yogyakarta dapat beroperasi menjalankan kegiatan pembelajaran dengan beberapa problematika yang dihadapi, di antaranya kelemahan dalam tata lembaga dan tatakelola; kurikulum yang stagnan; minimnya SDM secara kualitas dan kuantitas; minimnya sarana dan prasarana; trend penurunan animo peserta didik; serta minimnya pendanaan; 2) Kementerian Agama Yogyakarta telah melakukan upaya-upaya pembinaan yang bersifat regulatif-normatif dalam terhadap Madin; dan 3) Tantangan yang dihadapi pemerintah dalam memajukan Madin secara umum adalah perlunya political will (kemauan/keberpihakan politik) dan political action (tindakan politik) dengan melakukan beberapa hal di antaranya menerbitkan kebijkan makro yang lebih berpihak terhadap Madin; meningkatkan kerjasama lintas instansi birokrasi; merumuskan kebijakan anggaran yang lebih pro-Madin; dan peningkatan substansi layanan dan pembinaan.