Penelitian ini memiliki tujuan untuk mengetahui interpretasi tentang akuntabilitas kinerja instansi pemerintah dan untuk mendeteksi tindak lanjut terhadap temuan kinerja sebagai bentuk akuntabilitas kinerja pada Pemerintah Kota Baubau. Penelitian ini terklasifikasi pada penelitian kualitatif melalui pendekatan studi kasus. Penghimpunan data berasal dari kegiatan dokumentasi dan interview. Interview secara eksplisit dilakukan pada dua informan untuk mengetahui bagaimana interpretasi akuntabilitas kinerja oleh Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD) di Pemerintah Kota Baubau. Hasil penelitian menunjukkan bahwa masih terdapat SKPD di lingkungan Pemerintah Kota Baubau yang belum memahami konsep pertanggungjawaban kinerja. Selain itu, masih ditemukannya beberapa permasalahan dalam pelaporan kinerja dan capaian kinerja yakni keterbatasan sumber daya manusia khususnya APIP baik dari segi kuantitas maupun kualitas serta perlunya peningkatan sistem pengendalian intern pada level yang lebih baik sebagai jaminan sistem pengendalian intern yang dapat menekan angka penyimpangan. Kondisi ini memicu evaluasi Laporan Pertanggungjawaban Kinerja instansi Pemerintah (LAKIP) Kota Baubau memperoleh nilai “CC”.