Multicultural education has an important role in shaping the character of students to respect others and to foster a social spirit. Madrasas and Islamic boarding schools are Islamic educational institutions that have a major influence in shaping the character of students. This study aims to determine the differences in the implementation of multicultural education in MAN 3 Sleman and the Nurul Ummah Kotagede Islamic boarding school in Yogyakarta.The research method used is a comparative qualitative method, namely research that compares two or more entities. This study focuses on the similarities and differences between these two schools by comparing them with the same variables. Multicultural values include: diversity, humanity, pluralism, democracy, curriculum, culture, public relations, and comfort. From the results of the study it can be seen that in implementing multicultural education in both institutions, there are similar methods in its implementation. [Pendidikan multikultural mempunyai peran penting dalam membentuk karakter siswa untuk menghargai sesama serta untuk menumbuhkan jiwa sosial terhadap peserta didik. Madrasah dan pondok pesantren merupakan lembaga pendidikan islam yang mempunyai pengaruh besar dlama membentuk karakter siswa. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan implementasi pendidikan multikultural di MAN 3 Sleman dan pondok pesantren Nurul Ummah Kotagede Yogyakarta. Metode penelitian yang digunakan adalah metode kualitatif komparatif, yaitu penelitian yang membandingkan dua gejala atau lebih. Penelitian ini berfokus pada persamaan dan perbedaan antar unit dengan membandingkan variabel yang sama untuk sampel yang berbeda. Nilai-nilai multikultural antara lain: keragaman, humanis, pluralis, demokrasi, kurikulum, budaya, hubungan masyarakat dan kenyamanan. Dari hasil penelitian, dapat diketahui bahwa dalam pengimplementasian pendidikan multikultural di kedua lembaga tersebut terdapat metode yang sama dalam pengimplementasiannya.]