Abstrak: Ajaran Islam membimbing umat manusia agar sukses dunia dan selamat di akhirat, seimbang antara keduanya. Karenanya, dibutuhkan pembekalan integratif agar peserta didik menguasai ilmu keduanya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pola dan kendala integrasi kompetensi spiritual dalam pembelajaran IPA yang dihadapi guru IPA di lingkungan Madrasah Aliyah. Penelitian difokuskan pada upaya  integrasi ayat-ayat Kauniyah ke dalam mata pelajaran IPA (Biologi, Fisika dan Kimia) di Madrasah Aliyah di lingkungan Pondok Pesantren-Jombang-Jawa Timur. Penelitian dilakukan untuk menjawab permasalahan: Problematika apa yang dihadapi Madrasah Aliyah di lingkungan Pondok Pesantren dalam melaksanakan integrasi kompetensi spiritual dalam pembelajaran IPA? Serta bagaimana pola integrasi kompetensi spiritual dilakukan oleh guru dalam pembelajaran IPA di Madrasah Aliyah?. Penelitian dilakukan dengan pendekatan kualitatif deskriptif, dengan metode pengumpulan data melalui wawancara mendalam, angket, observasi, dan dokumentasi. Hasil penelitian menunujukan bahwa dalam pemahaman ayat-ayat kauniyah dan IPA saling membutuhkan, sehingga perlu dilakukan sintesis simbiotik. Di sisi lain terdapat kendala yang dihadapi guru dan Madrasah Aliyah, berupa kompetensi guru, sistem regulasi, metodologi pembelajaran, dan bahan ajar yang tersedia.  Kata Kunci: Integrasi, Kompetensi Spiritual, Pembelajaran IPA   Abstract: Islamic teachings guide mankind to the success of the world and salvation in the afterlife, in a balance. Therefore, it requires the students to have an integrative debriefing to master both. This study aims to determine the patterns and constraints of the integration of spiritual competence to the teaching and learning of science subjects in the Madrasah Aliyah. The research focused on the integration of Kauniyah passages into science subjects (Biology, Physics and Chemistry) at Madrasah Aliyah in Pondok Pesantren -Jombang-East Java. This research questions are; first, what are the problems of Madrasah Aliyah in Pondok Pesantren in integrating spiritual competence and since subjects? Second, how is the integration format of spiritual competence and science subject at Madrasah Madrasah Aliyah?. The research was conducted with a qualitative descriptive approach, in which the data were collected through in-depth interview, questionnaires, observation, and documentations method. The research shows thatthe two, the Kauniyah passages and Natural Science are understood as a mutual need, or a symbiotic synthesis. There are constraints faced by teachers and educational institutions, in integrating both. These constraints come fromthe teacher competence, the regulation system, the learning methodology, and the available teaching materials. Keywords: Integration, Spiritual Competence, Science Lesson