Artikel ini membahas tema pelaksanaan Pendidikan Agama Islam (PAI) di Sekolah Menengah Pertama Islam Terpadu (SMP IT) Syakur Al Marzuki yang berada di desa Nglingi Bareng Kecamatan Ngasem, Kabupaten Bojonegoro, Jawa Timur. Topik ini penting dikaji karena PAI merupakan mata pelajaran wajib yang harus diberikan kepada peserta didik dan pada saat yang sama dalam beberapa tahun terakhir perkembangan sekolah-sekolah dengan label Islam Terpadu (IT) semakin berkembang dan bermunculan, tidak saja sekolah yang masuk ke dalam jaringan Sekolah Islam Terpadu (SIT), namun juga sekolah yang berafiliasi dengan organisasi Islam seperti Muhammadiyah dan Nahdlatul Ulama (NU) membuka sekolah dengan model ini, salah satunya adalah SMP IT Syakur Al Marzuki yang berafilisasi dengan NU. Artikel ini ditulis berdasarkan hasil penelitian yang dilaksanakan pada tahun 2018. Adapun data dikumpulkan dengan beberapa metode meliputi wawancara, observasi dan studi pustaka. Hasil penelitian ini memperlihatkan bahwa SMP IT Syakur Al Marzuki melaksanakan PAI pada proses pembelajaran di dalam kelas dan melalui pembiasaan ibadah, serta perilaku. Meskipun berlabel IT, sekolah ini menyasar anak-anak dari keluarga menengah ke bawah  di wilayah sekitar sekolah ini untuk dapat melanjutkan belajar dengan biaya murah dan gratis, serta mendapatkan pendidikan agama Islam secara komprehensif. Sekolah ini juga mempunyai program unggulan “tahfidz” dan menyediakan pesantren untuk siswa-siswinya.