Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui peningkatan keterampilan proses sains siswa melalui penerapan model pembelajaran Problem Based Learning pada konsep jaringan tumbuhan. Penelitian ini dilaksanakan di MAS Tgk. Chiek Oemar Diyan Aceh Besar pada bulan Mei 2016. Metode yang digunakan adalah metode eksperimen. Sampel dalam penelitian ini berjumlah 50 siswa yang terdiri atas dua kelas, yaitu kelas eksperimen dan kelas kontrol. Data keterampilan proses sains dikumpulkan dengan menggunakan rubrik untuk kelas eksperimen pada saat praktikum dan kelas kontrol pada saat diskusi. Data dianalisis dengan rumus persentase. Hasil penelitian menunjukkan bahwa model pembelajaran Problem Based Learning meningkatkan keterampilan proses sains siswa kelas eksperimen, yaitu dari kategori baik menjadi kategori sangat baik, sedangkan kelas kontrol tidak mengalami peningkatan keterampilan proses sains, yaitu berada pada kategori baik. Dapat disimpulkan bahwa siswa yang diajarkan dengan model Problem Based Learning memiliki keterampilan proses sains yang lebih baik daripada siswa yang diajarkan dengan diskusi.