Labu kuning (Cucurbita moschata) merupakan tumbuhan alternatif pengganti pangan yang memiliki kandungan gizi yang tinggi dan mudah tumbuh diberbagai habitat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui adanya variasi tanaman labu kuning dan hubungan kekerabatan berdasarkan penanda morfologi dan pola pita isozim peroksidase di Provinsi Aceh. Penelitian dilakukan secara ekploratif di 6 Kabupaten Propinsi Aceh yang meliputi kabupaten Aceh Besar, Pidie, Pidie Jaya, Bireuen, Aceh Utara, dan Aceh Timur. Pengamatan morfologi meliputi batang, daun, bunga, buah dan biji. Analisis isozim menggunakan Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) dengan pewarnaan enzim peroksidase. Data morfologi dan pola pita isozim dianalisis dengan menggunakan software UPGMA NTSYS untuk memperoleh dendrogram hubungan kekerabatan. Hasil penelitian menunjukkan adanya 9 varian labu kuning dengan bentuk buah yang bervariasi dimana bentuk bulat panjang memiliki penanda morfologi daun yang berbeda dibandingkan delapan varian lainnya. Hasil dendrogram penanda morfologi menunjukkan labu kuning berbentuk bulat panjang terpisah dari delapan varian lainnya. Analisis pola pita isozim peroksidase menunjukkan sembilan pita isozim dengan nilai Rf 0; 0,1; 0,2; 0,3; 0,4; 0,42; 0,5; 0,56; dan 0,58. Berdasarkan penanda morfologi dan pola pita isozim peroksidase pada koefisien kemiripan 0,67 dendrogram terbagi menjadi 3 kelompok. Kelompok 1 terdiri dari varian berbentuk bulat (I) dan bulat lonjong (IV). Kelompok 2 disusun oleh bentuk bulat ceper (II), pir (III), segiempat (VI), bulat melintang (V), silinder (IX), dan botol (VIII), sedangkan kelompok 3 ditempati oleh bentuk bulat panjang.