Artikel ini bertujuan untuk mengetahui seberapa besar pengaruh tunjangan kinerja terhadap kinerja pegawai IAIN Sultan Amai Gorontalo dan berapa besar pengaruh motivasi terhadap kinerja pegawai IAIN Sultan Amai Gorontalo. Metode yang digunakan masuk dalam jenis penelitian kuantitatif dengan teknik sampling yang digunakan adalah proporsional Random sampling. Populasi dalam penelitian ini berjumlah 205 orang, sampel yang diteliti 67 orang. Pengumpulan data penulis menggunakan angket dan jenis analisis yang digunakan yaitu analisis Regresi Linear Berganda.Hasil penelitian dan pembahasan, menujukkan bahwa Tunjangan Kinerja dan Motivasi berpengaruh Terhadap Kinerja Pegawai setelah diuji menggunakan rumus Regresi sederhana masing-masing Y=57.266 + 0.345 X1  dan Y= 15.821 + 0.991 X2. Hal ini membuktikan bahwa tunjangan Kinerja dan Motivasi memiliki pengaruh yang signifikan terhadap Kinerja Pegawai  serta mengakibatkan peningkatan masing-masing sebesar 0.345 dan 0.991 pada konstanta  57.266 dan 15.821.hal ini juga dibuktikan dengan pengujian Hipotesis dimana uji parsial masing masing  thitung > ttabel yaitu X1 (3.117 > 1,980) dan X2 (11.982 > 1,980). Maka H0 ditolak. Demikian juga dengan menggunakan rumurs analisis Regresi berganda Y= a+ b1X1+b2X2=  17.754 + 0,126 X1  + 0,886 X2., maka pengujian hipotesis secara bersama-sama di dapat Fhitung > Ttabel atau 117.453 > 1,980, maka H0 di tolak dan Ha di terima. Faktor Tunjangan Kinerja dan Motivasi memberikan sumbangan efektif sebesar 78,6%, dapat diartikan Kinerja Pegawai dipengaruhi oleh  Tunjangan Kinerja dan Motivasi sedangkan  21,4 % merupakan pengaruh dari luar variabel yang tidak dimasukan dalam model penelitian ini.