Integrasi ilmu di perguruan tinggi kini terus bergulir baik di perguruan tinggi umum maupun perguruan tinggi keagamaan . Konsep integrasi disini bukan berarti menyatukan kedua ilmu yakni agama dan ilmu umum menyadi suatu kesatuan, dan ini tidak mungkin terjadi karena sifat dan hakekat kedua ilmu yang berbeda. Konsep integrasi disini dimaksudkan adanya iklim akademis di universitas atau perguruan tinggi tersebut yang sudah tidak ditemui adanya dikotomi ilmu, dalam pengertian bahwa perguruan tinggi umum pada awalnya hanya terbatas pada kajian ilmu umum saja baik natural science, social science maupun humanities. Perguruan tinggi umum kini juga membuka prodi-prodi yang kajianya banyak bersinggungan dengan ilmu agama Islam seperti prodi Ekonomi Islam di Universitas Airlangga Surabaya dan Universitas Brawijaya Malang, Islamic Banking and Finance di Institut Teknologi Bandung, Ilmu Pendidikan Agama Islam di Universitas Pendidikan Indonesia di Bandung dan lainya. Begitu juga perguruan tinggi keagamaan Islam seperti IAIN yang semula hanya fokus pada kajian keagamaan semata dengan fakultas-fakultas agama seperti Tarbiyah, Dakwah ,Ushuluddin, Syari’ah dan Adab, di awal abad ke 21 IAIN melakukan fusi dan perubahan menjadi Universitas Islam Negeri dengan membuka Fakultas dan Prodi umum seperti Saintek, Teknik, Ekonomi dan Kesehatan. Dengan potret di atas maka di universitas atau perguruan tinggi di Indonesia kini telah terjadi integrasi ilmu dan secara otomatis dikotomi ilmu sudah tidak nampak lagi.