Saat ini lembaga pendidikan baik formal maupun non formal terdampak adanya pandemi covid 19, termasuk di Madrasah Diniyah Mafatihun Naja Munggut. Kondisi ini  menjadi tantangan bagi Kepala Madrasah dalam mempersiapkan strategi dalam menyelenggarakan pendidikan secara efektif. Dalam pengelitian ini bertujuan untuk mengetahui bagaimana strategi kepala Madrasah Diniyah Mafatihun Naja Munggut dalam pelaksanaan program baca kitab kunig di masa pandemi covid-19 serta faktor-faktor pendukung dan penghambatnya. Pendekatan dan jenis dalam penelitian ini adalah kualitataif deskriptif. Hasil penelitian ini strategi yang dimbail Kepala Mdrasah menerapkan sistem shift, selalu mematuhi protokol kesehatan, mengurangi kegiatan yang menimbulkan kerumunan, menghimbau kepada seluruh dewan asatidz untuk membuat soal ujian sesuai dengan materi yang sudah diajarkan saja. Faktor pendukungnya mendapat dukungan penuh dari wali santri dan masyarakat sekitar, semangat belajar tinggi timbul dari diri santri. Faktor penghambatnya terbatasnya waktu menyelesaikan materi, ketika masuk diantara para santri sudah lupa materi yang telah dipelajari.