Seorang petani yang memiliki ternak sebagai bagian dari pertanian organiknya tidak perlu membeli lebih banyak produk penggabungan tanah. Di peternakan, limbah ternak dapat digunakan seperti halnya pupuk kandang. Kotoran dari susu dan unggas, menurut Penelitian dan Pendidikan Pertanian Berkelanjutan , memiliki efek pengapuran dan benar-benar menangkal pengasaman. Memasukkan kotoran hewan yang dapat diterima secara lingkungan dapat bermanfaat dalam berbagai cara, menurut laporan tersebut.Struktur tanah yang lebih baik, misalnya, menyebabkan peningkatan infiltrasi air, kapasitas menahan air yang lebih baik, retensi nutrisi yang baik, dan peningkatan keragaman mikroba. Kapasitas untuk katalisis dan pH tanah keduanya dipengaruhi secara positif.Menurut 'Komunitas Pembelajaran Lingkungan Ternak dan Unggas', pupuk kandang yang diterapkan dengan tepat berpotensi memberikan berbagai manfaat lingkungan, termasuk peningkatan kadar karbon tanah dan kadar karbon atmosfer yang lebih rendah, pengurangan pencucian nitrat, dan pengurangan erosi tanah.Aplikasi permukaan pupuk organik bertindak serupa dengan sisa tanaman, menurut percobaan di lapangan. Pupuk kandang, seperti sisa-sisa pertanian, dapat melapisi permukaan tanah dan mencegah erosi yang disebabkan oleh hujan.