Salah satu kebijakan yang telah dirancang pemerintah untuk mencegah penyebaran wabah tersebut adalah dengan menerapkan aturan Work From Home (WFH). Dampak dari penerapan kebijakan WFH di dunia pendidikan adalah kegiatan belajar mengajar di sekolah untuk sementara dilakukan dari jarak jauh. Kebijakan ini menimbulkan problematika baik bagi guru maupun siswa. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui permasalahan pembelajaran online PAI pada masa pandemi di SMP Muhammadiyah 3 Depok Sleman Yogyakarta dan bagaimana upaya kepala sekolah untuk mengatasi permasalahan tersebut. Metode penelitian yang digunakan adalah filed research  yaitu mengkaji peristiwa-peristiwa yang terjadi di lapangan. Data yang digunakan adalah data yang diperoleh melalui wawancara dengan salah satu guru PAI dan kepala sekolah serta observasi siswa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kepala SMP Muhammadiyah 3 Depok Sleman melakukan beberapa upaya untuk mengatasi problematika pembelajaran online yaitu dengan: 1) membantu memenuhi kebutuhan guru dalam pembelajaran online yaitu pengadaan komputer dan kuota internet; 2) mengadakan pelatihan keterampilan dalam menggunakan teknologi bagi guru di sekolah maupun siswa; 3) berkoordinasi, bersosialisasi dan bekerjasama dengan orang tua siswa.