Paradigma dikotomi keilmuan adalah paradigma yang memberi ruang pemisahan, perbedaan dan pertentangan antara “ilmu-ilmu agama” dan “ilmu-ilmu non agama (ilmu umum)”. Istilah-istilah dikursus ini beberapa diantaranya adalah “sekolah umum/ilmu umum” dan “sekolah agama/ilmu agama/pesantren”, penelitian ini akan membahas tentang hakikat ilmu, hikmah, dan ayat dalam perspektif Al-qur’an, penelitian ini menggunakan jenis penelitian kualitatif dengan teknik analisis deskriptif melalui kajian kepustakaan (library research), hasil penelitian menunjukkan bahwa hakikat ilmu sangatlah utuh dan terintegrasi yakni jalan untuk mencapai tujuan hidup yaitu kebahagiaan di dunia dan ahirat yang diperoleh melalui proses iktisabi (usaha dengan sungguh-sungguh) dengan cara berfikir yang mendalam tentang ayat ayat Allah SWT (Qauliyah dan kauniyyah) sehingga menimbulkan keimanan dan kesaksian terhadap keesaan Allah SWT. Hakikat hikmah adalah dorongan hati yang kuat untuk melakukan implementasi ilmu dalam kehidupan sehari-hari yakni dengan amal shaleh. Sedangkan hakikat ayat adalah sumber pelajaran/ ibrah bagi manusia yang terdiri dari ayat ayat tertulis(qauliyyah) maupun tentang alam (kauniyyah).