Penelitian ini menggunakan metode penelitian kualitatif, jenis data dalam penelitian ini diklasifikasikan menjadi data primer dan data sekunder. Metode pengumpulan dara terdiri dari observasi, wawancara dan dokumentasi dan selanjutnya dianalisis dengan cara analisis domein, analisis, analisis taksonomi, analisis komponen dan analisis tema. Pengecekan keabsahan data dilakukan dengan perpanjangan pengamatan, keikutsertaan dan trianggulasi.Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa Pondok Pesantren Hidayatullah Kota Kendari dalam persiapan implementasi Manhaj sistematika Wahyu dalam pendidikan Pondok Pesantren melalui dua tahap. Tahap (1) mengintegrasikan kurikulum diknas yang di pakai pada pendidikan formal dengan Manhaj Sistematika Wahyu yang di beri istilah Pendidikan Integral. Tahap (2)  sistem keasramaan (Boarding/ Mondok) yang diharapkan dalam sistem ini adalah optimalisasi iptek yang seimbang dengan pembentukan kesadaran ruhiyah sangat ditunjang oleh keterpaduan ungsur yang ada, yaitu sekolah, masjid dan asrama. Manhaj Sistematika Wahyu dalam pelaksanaan pada sistem pendidikan di Pondok Pesantren Hidayatullah Kendari dengan memberikan muatan Sistematika Wahyu pada setiap pembahasan dalam mata pelajaran baik pelajaran formal maupun ekstrakurikuler. Hal ini dapat tercermin pada pramuka yang di berikan muatan Kepanduan Hidayatullah yang berisikan Manhaj Sistematika Wahyu.Pelaksanaan evaluasi Manhaj Sistematika Wahyu pada sistem pendidikan Pondok Pesantren Hidayatullah Kendari menggunakan empat model evaluasi yaitu : (a) Evaluasi goald oriented, (b) Evaluasi Formatif, (c) Evaluasi Normatif dan (d) Evaluasi Sumatif.