Konstruk sistem penyelenggaraan penjaminan mutu pendidikan agama di PTAI, dalam perjalanannya baru tahapan program pelatihan-pelatihan. Kondisi penjaminan mutu PTAI utamanya di Indonesia Timur saat ini dalam penyelenggaraanya tampak kurang optimal jika dilihat dari aspek manajemen, tujuan dan sasaran dalam pengendalian mutu pendidikan serta perbaikan proses pembelajaran. Fakta menunjukkan bahwa dalam setiap proses penyelenggaraan pendidikan, sering terjadi kelemahan yang berulang dan kekurangan yang tak kunjung usai, selain itu juga belum memperlihatkan perbaikan yang signifikan yang dilakukan pimpinan, bahkan kesalahan terjadi tidak jarang pada setiap tahunnya.         Konstruk tentang sistem penyelenggaraan penjaminan mutu pendidikan PTAI menggunakan pendekatan manajemen G. Lipsey dan Mervyn K. Lewis. Menurutnya managenentis a process or form of work that involves the guidance ordirection of group of people toward organizatinal goals or objectives. Management merupakan lembaga yang berproses melalui kinerja subjek yang melakukan proses hingga mencapai tujuan yang jelas atau goal pada suatu lembaga penjaminan mutu berfungsi mengontrol, mengevalusi, pengaudit dan memperbaiki mutu pendidikan, terutama lingkup PTAI. Dalam teori manajemen seorang menejer akan melakukan kegiatan yang disebut manajemen planning, organizing, staffing, motivating, controlling untuk mencapai goal.         Fakta penyelenggaraan penjaminan mutu pendidikan lingkup PTAI belum maksimal dilakukan, kinerja lemah dan kurang berwibawa, bahkan terkesan masih diabaikan pada tingkat implementasinya maupun pelaksanaannya dilapangan, kegiatan penjaminan mutu hanya seputar pelatihan yang sesungguhnya kurang implementatif, dilihat dari perspektif manajemen. Penyelenggaraan penjaminan mutu pendidikan lingkup PTAI sesungguhnya adalah essesor internal atau “guru mutu” yang bertugas mengontrol, memonitor, mengaudit, mengevaluasi dan memperbaiki proses pendidikan, jika terjadi kesalahan atau kendala-kendala dalam penyelenggaraannya.