Perairan yang memiliki kualitas air bersih sangat mempengaruhi keragaman jenis capung. Penelitian ini bertujuan untuk menghitung indeks keanekaragaman, indeks kemerataan, dominansi dan FBI (Family Biotic Indeks) capung Anisoptera dan untuk membandingkan kualitas air pada tiga area  yang berbeda terhadap keanekaragaman jenis capung Anisoptera di sekitar aliran sungai gunung Muria Desa Colo Kudus Jawa Tengah. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan metode deskriptif. Hasil dari penelitian tersebut ditemukan lima spesies capung pada tiga area  penelitian. Hasil analisis indeks keanekaragaman bahwa area  1 (0,99) dan area  3 (0,97) tergolong rendah, sedangkan area  2 (1,12) tergolong sedang. Analisis indeks kemerataan menunjukkan bahwa area  1 (0,71) dan area  2 (0,62) cukup merata, sedangkan area  3 (0,88) hampir merata. Hasil analisis indeks dominansi menunjukkan bahwa area  1 (0,42) dan area  2 (0,37) tergolong sedang, sedangkan area  3 (0,20) rendah. Hasil analisis FBI (Family Biotic Indeks) menunjukkan bahwa ketiga area  tersebut memiliki kualitas air paling baik atau tidak tercemar bahan organik. Perbandingan kualitas air pada ketiga area  terhadap keanekaragaman jenis capung Anisoptera yaitu area  1 dan area  3 memiliki kualitas air bersih akan tetapi memiliki keanekaragaman jenis capung Anisoptera rendah, sedangkan untuk area  2 memiliki kualitas air tercemar akan tetapi memiliki keanekaragaman jenis capung Anisoptera sedang.   Kata kunci : Biodiversitas, Capung Anisoptera, Kualitas air