This study aims to determine learning difficulties and the factors that cause it in the material particles that make up objects and living things in class IX students of MTs Al-Fathiyah. This research was a descriptive qualitative research. Methods of data collection by observation, documentation and interviews, as well as test questions as additional data collection. The data analysis technique used was data reduction, data display, verification. The results showed that the learning difficulties experienced by the class IX students of MTs Al-Fathiyah were difficulty in counting, difficulty in understanding concepts/terms and difficulty in identifying. Factors causing learning difficulties experienced by class IX students of MTs Al-Fathiyah were internal factors, including learning styles, learning readiness, interest in learning, and physical conditions, while external factors include the way teachers teach, reduced learning hours and environmental influences.   Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kesulitan belajar dan faktor penyebab kesulitan belajar pada materi partikel penyusun benda dan makhluk hidup siswa kelas IX MTs Al-Fathiyah. Penelitian ini adalah penelitian kualitatif deskriptif. Metode pengumpulan data yang digunakan adalah observasi, dokumentasi dan wawancara, serta soal tes sebagai pengumpulan data tambahan. Teknik analisa data yang digunakan adalah reduksi data, data display, verification. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kesulitan belajar yang dialami siswa kelas IX MTs Al-Fathiyah pada materi partikel penyusun benda dan makhluk hidup adalah kesulitan menghitung, kesulitan memahami konsep/istilah dan kesulitan mengidentifikasi. Sedangkan faktor penyebab kesulitan belajar yang dialami siswa kelas IX MTs Al-Fathiyah pada materi partikel penyusun benda dan makhluk hidup adalah faktor internal seperti gaya belajar, kesiapan belajar, minat belajar, dan keadaan fisik, sedangkan faktor eksternal seperti cara guru mengajar, pengurangan jam belajar dan pengaruh lingkungan.