Pasca Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2006 tentang Perubahan Atas Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama disahkan, kewenangan Pengadilan Agama diperluas sehingga dapat menyelesaikan sengketa ekonomi syariah. Namun ironisnya, Undang-Undang Nomor 21 tahun 2008 tentang Perbankan Syariah mengatur kemungkinan adanya pilihan forum (choice of forum) pengadilan mana yang dikehendaki oleh para pihak yang berakad, baik Pengadilan Agama maupun Pengadilan Negeri. Akibatnya dalam praktik peradilan, terdapat beberapa kasus sengketa ekonomi syariah yang diselesaikan melalui mekanisme peradilan umum. Penelitian ini menjadi sangat penting untuk mengetahui kewenangan Pengadilan Agama sebelum dan setelah lahirnya putusan Mahkamah Konstitusi Nomor 93/PUU-X/2012 dan implikasinya terhadap kewenangan Pengadilan Agama terhadap perbankan syariah maupun lembaga ekonomi syariah lainnya. Adapun metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode penelitian yuridis normatif (yuridis-dogmatik) dengan pendekatan perundang-undangan dan kasus. Berdasarkan hasil penelitian ditemukan kewenangan penyelesaian sengketa ekonomi syariah Pengadilan Agama sebelum Putusan Mahkamah Konstitusi terjadi dualisme kewenangan mengadili antara lembaga Pengadilan Agama dengan lembaga Pengadilan Negeri dikarenakan adanya konflik diantara peraturan perundang-undangan yaitu Pasal 55 ayat (2) Undang-Undang Nomor 21 tahun 2008 dengan Pasal 49 Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2006 dan Undang-Undang Dasar 1945 Pasal 28D ayat (1) tentang hak setiap orang untuk mendapat kepastian hukum. Namun setelah lahirnya putusan Mahkamah Konstitusi Nomor 93/PUU-X/2012, Pengadilan Agama dinyatakan sebagai satu-satunya lembaga peradilan yang berwenang menyelesaikan sengketa ekonomi syariah. Putusan pengadilan ini secara normatif tentu tidak hanya berimplikasi terhadap perbankan syariah sebagai salah satu lembaga ekonomi syariah, tetapi juga lembaga lainnya yang menjalankan usahanya berdasarkan prinsip syariah.