Munculnya Sekolah Islam Terpadu menambah khazanah bagi perkembangan pendidikan Islam di Indonesia. Sebelum munculnya Sekolah Islam Terpadu, lembaga pendidikan di Indonesia terdiri atas madrasah, sekolah umum dan pesantren. Keberadaan Sekolah Islam Terpadu membawa warna dan ciri khas yang berbeda bila dibandingkan dengan madrasah dan pesantren. Sekolah Islam Terpadu memadukan antara pendidikan agama yang menjadi ciri khas dari pesantren dan pendidikan modern yang menjadi ciri khas dari sekolah umum. Konsep keterpaduan dibangun dengan memadukan antara pendidikan agama dan pendidikan umum dalam satu kurikulum. Mata pelajaran dan kegiatan pembinaan yang disajikan terintegrasi satu sama lainnya dengan nilai-nilai Islam. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif. Dari hasil penelitian menunjukkan bahwa konsep keterpaduan atau integrasi antara Islam dan ilmu pengetahuan pada sekolah Islam Terpadu sudah tertuang dalam kurikulum. Namun keterbatasan sumber belajar dan sumber daya pengajar yang dapat mengintegrasikan antara Islam dan ilmu pengetahuan menjadi tantangan tersendiri dalam upaya mengimplementasikan konsep keterpaduan pada Sekolah Islam Terpadu. Sehingga proses Islamisasi mata pelajaran dan pelatihan sumber daya pengajar sebaiknya terus dilakukan untuk mewujudkan Sekolah Islam Terpadu yang sejalan dengan konsep keterpaduannya.