MA Darunnajat is a madrasa under the auspices of an educational foundation which entirely implements the separation of students based on gender. This is different from the foundation that houses MA Al Hikmah 1 and 2, where there are several levels of education such as universities that do not apply gender segregation in them. MA Darunajat is located in a modern Islamic boarding school area which also distinguishes it from MA Al Hikmah 1 and 2, where the two madrasas are located in a pesantren area with a combination of classical and modern systems. Based on the background of the problem above, the authors conducted research with the aim of: (a) How is the implementation of gender segregation of students in learning at MA Darunnajat Bumiayu? (b) What are the implications of the gender segregation management of students in learning at MA Darunnajat Bumiayu? (c) How are the efforts to improve the quality of learning through the implementation of gender segregation management of students in learning at MA Darunnajat Bumiayu? The method used in this research is a qualitative approach which intends to understand the phenomena experienced by research subjects such as perceptions, actions, and others, holistically. The data was collected by means of observation, documentation, and interview techniques. Data analysis techniques include data reduction, data presentation, and drawing conclusions. The conclusion of this study is that: The implementation of gender segregation of students in learning at MA Darunnajat Bumiayu, Brebes Regency has been carried out well, this can be seen from the following facts. First, the learning process is carried out effectively, openly and efficiently. Second, increasing respect for the opposite sex. Third, reduced gender bullying. Fourth, increasing public interest in the school. Fifth, increasing the students' praiseworthy morals. Teachers in these schools have been given an understanding of the circumstances or conditions of the existing class. Students have also begun to feel comfortable with the class conditions that have been built since the beginning, because they are in accordance with the Islamic boarding school environment.. Abstrak MA Darunnajat merupakan madrasah yang berada dalam naungan yayasan pendidikan yang seluruhnya menerapkan pemisahan peserta didik berdasarkan jenis kelamin. Hal ini berbeda dengan yayasan yang menaungi MA Al Hikmah 1 dan 2, dimana ada beberapa jenjang pendidikan seperti perguruan tinggi yang tidak menerapkan segregasi gender di dalamnya. MA Darunajat berlokasi dalam satu kawasan pondok pesantren modern juga membedakan dengan MA Al Hikmah 1 dan 2, dimana kedua madrasah tersebut berada dalam kawasan pesantren dengan perpaduan sistem klasik dan modern. Berdasarkan latarbelakang masalah diatas penulis melakukan penelitian dengan tujuan : (a) Bagaimana pelaksanaan segregasigender peserta didik dalam pembelajaran di MA Darunnajat Bumiayu? (b) Bagaimana implikasi manajemen segregasigender peserta didik dalam pembelajaran di MA Darunnajat Bumiayu? (c) Bagaimana upaya meningkatkan mutu pembelajaran melalui pelaksanaan manajemen segregasigender peserta didik dalam pembelajaran di MA Darunnajat Bumiayu?. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah pendekatan kualitatif yang bermaksud untuk memahami fenomena tentang apa yang dialami oleh subjek penelitian seperti : persepsi, tindakan, dan lainnya, secara holistik. Pengumpulan data dilakukan dengan teknik observasi, dokumentasi, dan wawancara. Teknik analisis data meliputi reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan. Kesimpulan dari penelitian ini adalah bahwa : Pelaksanaan Segregasi Gender Peserta didik dalam pembelajaran di MA Darunnajat Bumiayu Kabupaten Brebes sudah terlaksana dengan baik, hal ini terlihat dari beberapa fakta berikut. Pertama, proses pembelajaran terlaksana efektif, terbuka dan efesien. Kedua, meningkatnya penghargaan terhadap lawan jenis. Ketiga, Berkurangnyabully gender. Keempat, Meningkatnya minat masyarakat terhadap sekolah tersebut. Kelima, Meningkatnya akhlak terpuji siswa. Guru-guru di sekolah tersebut sudah diberikan pemahaman tentang keadaan ataupun kondisi kelas yang ada. Siswa pun juga sudah mulai nyaman terhadap kondisi kelas yang dari awal di bangun sudah di tetapkan sedemikian rupa karena sesuai dengan daerah lingkungan pondok Pesantren