Sejak ditetapkan sistem Jaminan Kesehatan Nasional di Indonesia sejak 2004, rumah sakit diseluruh Indonesia secara bertahap diwajibkan untuk bekerja sama dengan BPJS. Berlakunya sistem ini diharapkan meningkatkan mutu pelayanan kesehatan masyarakat. Namun dalam pelaksanaannya terdapat berbagai kendala yang menyebabkan terganggunya kinerja rumah sakit berkenaan dengan cashflow atau kendali biaya rumah sakit. Salah satu penyebabnya adalah berkas klaim yang diserahkan kepada BPJS tidak sesuai dengan ketentuan klaim sehingga klaim tidak dibayarkan dan menyebabkan kerugian bagi rumah sakit. Tujuan penelitian ini untuk menganalisis gambaran faktor input, proses dan output dari keterlambatan pemprosesan klaim BPJS di RSUD Leuwiliang. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif dengan menggunakan pendekatan sistem melalui wawancara mendalam dan observasi. Hasil penelitian dari komponen input terkait jumlah SDM masih kurang, beban kerja yang ganda, pelatihan SDM masih kurang, dimana SIMRS belum berjalan maksimal, tidak adanya dana insentif dan masih terdapat ruangan yang tidak memiliki SOP. proses terkait alur proses klaim sudah berjalan namun masih terdapat kendala dalam penginputan proses klaim antara lain jaringan internet eror, ketidak lengkapan berkas, double berkas, keterlambatan berkas, salah koder, hasil penunjang tidak lengkap, tulisan dokter sulit dibaca. output terdapat selisih berkas yang artinya masih ada dana rumah sakit yang belum dibayarkan dan masih ada yang ditolak oleh BPJS pada rawat jalan yang ditolak sebanyak 1.586 berkas klaim dan rawat inap yang ditolak sebanyak 1.319 berkas klaim. Diharapkan rumah sakit memberikan kesempatan pelatihan kepada seluruh pegawai untuk meningkatkan kinerja pegawai berkenaan dengan sistem BPJS untuk mengoptimalkan pemberkasan, perlunya meningkatkan dan lebih mendayagunakan fungsi SIMRS.