Penelitian ini termasuk penelitian literer yang menjadikan pemikiran sebagai obyek kajiannya. Al-Quran telah menawarkan beberapa metodologi keilmuan. Namun demikian, ada permasalahan atau persoalan yang harus di jawab dan diselesaikan. Juga berkaitan dengan tinjauan ilmuwan yang kita pakai maka pertanyaan yang kami ajukan tidak terlepas dari apa dan bagaimana., yaitu mengenai metodologi keilmuan apakah yang ditawarkan al-Qur’an? Dan bagaimana dapat dibuktikan validitasnya? Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa metodologi keilmuan yang ditawarkan dalam al-Qur’an adalah metode observasi (bayani) yang merupakan manivestasi dari makna term al-nazhr dan al-fikr,  metode demonstratif (burhani) yang merupakan manivestasi dari makna term al-aql dan metode intuitif (‘irfani) yang merupakan manivestasi dari makna term al-qalb. Bahwa metodologi keilmuan yang ditawarkan oleh al-Qur’an dapat diuji validitasnya dalam mengetahui kebenaran sesuai dengan objeknya, melalui aplikasi sesuai dengan kebutuhannya. Bahwa metodologi keilmuan yang ditawarkan oleh al-Qur’an -yang menggunakan indera dan akal- itu bila tidak digunakan sesuai dengan aturan atau kaidah yang berlaku bisa menyebabkan kesalahan, kecuali metode ‘irfani. Meski metode yang modusnya disebut ilmu hudhuri ini masih dalam perbedaan dalam memperolehnya, sebagian ulama mengatakan dengan proses dan sebagian lain tanpa proses.