Berdasarkan observasi awal di SMA Negeri 2 Tanjung Selor, diketahui bahwa hasil belajar peserta didik kelas X MIPA 2 masih relatif rendah. Hal ini dapat dilihat dari ketuntasan belajar klasikal pada data awal kelas X MIPA 2 untuk mata pelajaran Biologi sebesar 41%. Hasil belajar yang masih rendah ini disebabkan oleh metode pembelajaran yang diterapkan masih menggunakan metode ceramah (metode konvensional). Metode ini membentuk peserta didik menjadi pasif dan kurang kreatif sehingga perlu adanya model pembelajaran yang membuat peserta didik menjadi aktif. Model pembelajaran yang dapat diterapkan untuk lebih dapat mengaktifkan peserta didik salah satunya adalah model pembelajaran Two Stay Two Stray yang divariasikan dengan LKS Word Square. Jenis penelitian ini adalah Penelitian Tindakan Kelas (PTK). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui peningkatan belajar materi Keanekaragaman Hayati melalui penerapan metode Two Stay Two Stray yang divariasikan dengan LKS Word Square di kelas X MIPA 2 SMA Negeri 2 Tanjung Selor. Subjek penelitian ini adalah kelas X MIPA 2 SMA Negeri 2 Tanjung Selor dengan jumlah siswa 22 orang. Penelitian ini dilaksanakan dalam dua siklus. Tiap siklus terdiri dari 4 tahap yaitu: perencanaan, pelaksanaan, observasi, dan refleksi. Indikator keberhasilan penelitian ini adalah (1) peningkatan persentase siswa yang memperoleh nilai ?70 atau jumlah peserta didik yang belajar tuntas meningkat menjadi 95%, (2) ketuntasan keaktifan klasikal ?85%. Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa penerapan metode Two Stay Two Stray yang divariasikan dengan LKS Word Square dapat meningkatkan hasil belajar biologi siswa kelas X MIPA 2 SMA Negeri 2 Tanjung Selor pada pokok bahasan Keanekaragaman Hayati. Peningkatan ini ditandai dengan hasil persentase kenaikan pencapaian ketuntasan belajar klasikal pada siklus I sebesar 59 % dan pada siklus II mencapai 95 %.