Untuk meningkatkan hasil belajar siswa pada mata pelajaran kimia pada materi Bentuk Molekul maka dilakukan penelitian tindakan kelas dengan menerapkan model pembelajaran Discovery Learning berbantuan PhET (Physics Education and Technology) Simulations.   Penelitian yang dilakukan terhadap 21 peserta didik  (9 laki-laki dan 12 perempuan) kelas X IPA SMAN 1 Wolowae Propinsi Nusa Tenggara Timur tahun pelajaran 2019/2020  terjadi dalam dua siklus. Adapun teknik pengumpulan data yang dilakukan dalam penelitian ini adalah dengan metode test. Data hasil penelitian yang diperoleh dianalisis menggunakan metode deskriptif. Hasil penelitian menunjukan bahwa terjadi peningkatan hasil belajar siswa  dari rata-rata nilai 71,43 pada siklus I menjadi 82,86 pada siklus II. Hasil penelitian menunjukkan bahwa  terjadi peningkatan hasil belajar siswa pada materi Bentuk Molekul sebesar 11,43%. Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa  pembelajaran Discovery Learning berbantuan PhET (Physics Education And Technology)  simulations dapat meningkatkan hasil belajar siswa pada materi Bentuk Molekul. Oleh karena itu model pembelajaran Discovery Learning berbantuan PhET (Physics Education And Technology)  simulations sangat efektif dipakai dalam pembelajaran pada materi  yang abstrak seperti Bentuk Molekul dan materi sejenis lainnya.