Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis bagaimana konsep dan bentuk implementasi integrasi agama dalam pembelajaran sains (mata pelajaran biologi, matematika, fisika dan kimia) di Madrasah Aliyah Mu’allimin Nahdlatul Wathan Pancor Kab. Lombok Timur, Propinsi Nusa Tenggara Barat(NTB)-Indonesia. Dengan menggunakan metode penelitian kualitatif jenis deskriptif-analitik, data dikumpulkan melalui teknik dokumen, wawancara, dan observasi untuk menggali data tentang integrasi dan internalisasi nilai-nilai keislaman yaitu nilai tauhid, syari’ah, akhlak dan pengembangan sains ke dalam diri peserta didik yang berimplikasi terhadap perilaku dan semangat penggunaan ilmu (aksiologi ilmu) peserta didik. Sains memperkuat dan mendukung keyakinan tentang Tuhan sebagai pencipta alam semesta, sedangkan agama memperkuat dan mengarahkan sains untuk memberikan manfaat dan pemenuhan kebutuhan hidup manusia. Dengan model integrasi apologetik yaitu model integrasi yang didasari oleh pandangan bahwa sains adalah produk yang bersifat universal dan bebas nilai. Karena itu ia dapat dipakai dan berlaku dimana saja dan di lingkungan apa saja. Dalam kaitan integrasi iptek dan imtak berusaha melegitimasi hasil-hasil sains modern dengan mencari ayat-ayat alQur’an yang sesuai, dikaitkan nilai-nilai keislaman dengan teori sains dan telah ada dalam ajaran agama.