Pendidikan Islam di Indonesia telah berlangsung sejak masuknya Islam ke Indonesia. Sejalan dengan perkembangan zaman, timbul permasalahan-permasalahan pendidikan yang kompleks, yang membelit percepatan perkembangan dan kemajuannya. Masalah tersebut meliputi kelembagaan, kepemimpinan, keuangan, kepegawaian, kurikulum, kesiswaan, dukungan masyarakat, tingkat kepercayaan, konflik, dan sebagainya. Hingga kinimasyarakat menangkap citra lembaga pendidikan Islam sebagai lembaga pendidikan “kelas dua”. Sungguh istilah pendidikan “kelas dua” tidak hanya mencerminkan penilaian objektif-empirik, tetapi juga merupakan pelecehan. Kenyataan tersebut jelas akan melahirkan stigma negatif terhadap eksistensi lembaga pendidikan Islam. Jika stigma negatif ini masih melekat dan diyakini kebenarannya oleh masyarakat luas, maka sudah tentu juga akan berdampak negatif terhadap masa depan pendidikan Islam. Tulisan ini berusaha memetakan permasalahan-permasalahan pendidikan Islam di Indonesia dan langkah-langkah strategis untuk mengatasinya. Perlu pula dikemukakan bahwa permasalahan pendidikan yang diuraikan dalam tulisan ini terbatas pada permasalahan pendidikan formal.