Penelitian ini dilatarbelakangi oleh rendahnya mutu akademik Madrasah Tsanawiyah di Kabupaten Kebumen. Salah satu penyebab rendahnya mutu akademik tersebut karena  rendahnya kinerja guru. Untuk meningkatkan kinerja guru, peran kepala Madrasah Tsanawiyah baik itu perannya sebagai pemimpin maupun supervisor sangat diperlukan. Adapun tujuan yang akan dicapai melalui penelitian ini, yakni untuk mengetahui: (1) pengaruh kepemimpinan kepala MTs terhadap kinerja guru MTs se-Kabupaten Kebumen; (2) pengaruh supervisi klinis terhadap kinerja guru MTs se-Kabupaten Kebumen; dan (3) pengaruh kepemimpinan kepala madrasah dan supervisi klinis terhadap kinerja guru MTs se-Kabupaten Kebumen.              Pengumpulan data menggunakan angket. Populasi dalam penelitian ini, yakni guru yang mengajar di 88 MTs baik negeri maupun swasta yang berjumlah 1.484 guru. Sampel diambil melalui teknik probability sampling atau pengambilan sampel secara acak dari 9 MTs. Selanjutnya untuk menentukan jumlah sampel digunakan tabel Nomogram Herry King dengan tingkat kebebasan 5% diperoleh jumlah sampel 143 responden. Adapun teknik yang digunakan dalam menganalisis data melalui tiga tahap. Ketiga tahap tersebut, yakni: Pertama,  deskripsi data. Kedua, uji homogenitas dan normalitas sebagai prasarat data sebelum dianalisis.  Ketiga, uji hipotesis.              Hasil penelitian secara deskriptif menunjukkan bahwa kriteria kepemimpinan kepala Madrasah Tsanawiyah di Kabupaten Kebumen 67,1% baik sekali, 31,5% baik, 1,4% cukup baik, sedangkan kriteria supervisi klinis 7% baik sekali, 39,8% baik, 37,8% cukup, 14,7% kurang, dan 0,7% kurang baik. Adapun kriteria kinerja guru 21% baik sekali, 71,3% baik, 6,3% cukup, dan 1,4% kurang. Melalui uji homogenitas diketahui bahwa data tidak homogen karena nilai signifikansi 0,000 atau lebih kecil dari 0,05. Melalui uji kolmogorov-smirnov diketahui pula bahwa data untuk variabel kepemimpinan kepala madrasah dan kinerja guru tidak normal, sedangkan untuk variabel supervisi klinis berdistribusi normal. Adapun hasil penelitian secara analisis menunjukkan bahwa angka probabilitas 0,000 atau lebih kecil dari 0,05, baik itu hubungan kepemimpinan kepala madrasah dengan kinerja guru, hubungan supervisi klinis dengan kinerja guru, maupun hubungan kepemimpinan kepala madrasah supervisi klinis dengan kinerja guru. Ini berarti bahwa ada pengaruh yang signifikan antara hubungan kepemimpinan kepala madrasah dengan kinerja guru, hubungan supervisi klinis dengan kinerja guru, maupun hubungan kepemimpinan kepala madrasah  dan supervisi klinis dengan kinerja guru Madrasah Tsanawiyah se-Kabupaten Kebumen.