Baitul Maal Hidayatullah Yogyakarta dianggap sebagai entitas grass root yang memiliki kewajiban untuk turut memberi stimulus pada masa pandemi dan menggerakkan kesejahteraan anggotanya di masa pandemi Covid-19 Objek penelitian akan menspesifikan pada Baitul Maal Hidayatullah Yogyakarta yang memiliki keharusan untuk menyampaikan informasi berkaitan dengan keuangan dan ekonomi di organisasi nirlaba dengan membuat laporan keuangan guna meningkatkan kredibilitas dan harus dimaksimalkan perannya. Penelitian akan memiliki tujuan mengetahui penerapan sistem pengendalian internal pada siklus penerimaan kas dan pengeluaran kas dan mengidentifikasi kelemahan dan kelebihan yang telah terimplementasi. Penelitian ini menggunakan metode penelitian deskriptif dengan menggunakan pendekatan faktadan juga jurnal sebagai litelatur dan melakukukan observasi serta analisis pada unit Baitul Maal Hidayatullah Yogyakarta dan dilakukan kajian secara kualitatif. Hasil penelitian mengukur 5 aspek penerapan pengendalian internal pada siklus penerimaan dan pengeluaran kas menurut COSO di Baitul Maal Hidayatullah Yogyakarta, yaitu 1) lingkungan pengendalian, 2) penilaian resiko, 3) aktivitas pengendalian, 4) informasi dan komunikasi dan 5) pemantauan. Dari hasil tersebut disimpulkan bahwa penerapan sistem pengendalian internal pada siklus penerimaan kas dan pengeluaran kas Baitul Maal Hidayatullah Yogyakarta telah berjalan dengan baik, senada dengan teridentifikasi beberapa kelebihan dan kelemahan. Poin kelemahan seperti pengelolaan  yang menggunakan aplikasi dasar dapat berpotensi untuk dikembangkan lebih lanjut.