Latar belakang penelitian ini adalah, terdapat masalah terkait dengan motivasi belajar PAI siswa di SMA Sains Wahid Hasyim yang menyebabkan proses pembelajaran menjadi kurang kondusif. Motivasi belajar PAI siswa SMA Sains Wahid tersebut dipengaruhi oleh beberapa faktor salah satunya adalah tentang presepsi tentang pembelajaran PAI. Penelitian ini bertujuan untuk mendiskripsikan motivasi belajar PAI dan tingkat persepsi siswa tentang pembelajaran PAI serta untuk mengetahui hubungan antara motivasi belajar dengan persepsi siswa tentang pembelajaran PAI.  Populasi penelitian ini adalah siswa kelas X SMA Sains Wahid Hasyim sejumlah 86 siswa. Pengambilan sampel dilakukan dengan menggunakan  Purposive sampling. Pengumpulan data menggunakan angket, dokumentasi dan wawancara. Analisis yang digunakan analisis korelasi product moment dengan bantuan  SPSS 23 for windows. Hasil penelitian menunjukkan : (1) Tingkat motivasi belajar PAI siswa kelas X di kategorikan baik dengan jumlah mean sebesar 75,38 dan standart devisiasi sebesar 8,421. (2) Tingkat persepsi siswa tentang pembelajaran PAI siswa kelas X dikategorikan cukup baik dengan jumlah mean sebesar 64,92 dan standart devisiasi sebesar 10,748. (3) Terdapat hubungan yang positif dan signifikan antara persepsi siswa tentang pembelajaran PAI dengan motivasi belajar PAI siswa kelas X SMA Sains Wahid Hasyim. (rxy = 0,291, p (one-tailed)= 0,037 < 0,05). Keyword: Motivasi Belajar PAI, Persepsi Siswa tentang Pembelajaran PAI.