Kajian tentang manuskrip menarik untuk dilakukan karena bisa mengungkap sisi nilai budaya maupun sejarah. Artikel ini mengkaji  manuskrip mushaf al-Qur`an koleksi Ponpes Al-Yasir Jekulo, Kudus dari sisi kodikologi, rasm dan qirā`at. Naskah mushaf al-Qur`an ini diwariskan secara turun-temurun dan berasal dari abad ke-19. Ditinjau dari karakteristik iluminasinya, manuskrip ini identik dengan iluminasi mushaf Jawa. Iluminasi terdapat pada tiga bagian, yaitu awal, tengah dan akhir mushaf. Selain itu, juga terdapat iluminasi sederhana untuk membingkai tanda awal juz yang terletak secara simetris di sisi kanan dan kiri halaman mushaf. Dalam manuskrip ini terdapat simbol ayat, awal juz, rukū’. Bahan yang digunakan untuk kertas naskah ini adalah jenis kertas Eropa dengan bukti jika diterawang menggunakan cahaya terlihat garis-garis membujur serta terdapat watermark. Penelitian ini menemukan rasm yang digunakan dalam mushaf adalah rasm campuran antara rasm al-‘uthmāny dan rasm al-imlāī, tetapi lebih didominasi oleh rasm al-imlā`iy. Sedangkan dari segi qirā`at menggunakan ‘Āṣim riwayat Ḥafṣ. Kata Kunci: al-Qur`an, kodikologi, manuskrip, rasm, qirā`at