Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui bagaimanakah pelaksanaan implementasi model supervisi klinis dalam meningkatkan kompetensi pedagogik dan kompetensi Profesional guru Agama. Penelitian ini mengambil lokasi di MI Ar-Rahman Labuaja, Kabupaten Bone. Jenis penelitian kualitatif, dengan pendekatan fenomenologis dan deskreptif naturalistik, teknik pengumpulan data melalui wawancara, observasi, dan dokumentasi. Sedang teknik analisa data dengan teknik Miles dan Huberman yaitu reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan.Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa: (1) Pelaksanaan implementasi supervisi klinis sudah cukup baik, terbukti tindakan riil yang dilakukan pengawas secara sistematis dan terprogram, sudah melaksanakan siklus pendahuluan, observasi dan siklus balikan dengan baik; 2) hambatan yang dihadapi antara lain jumlah pengawas tidak seimbang dengan jumlah guru dan sekolah, asumsi guru, letak geografis, sarana prasarana, waktu, biaya, dan kebijakan pemerintah. Upaya tindak lanjut yang dilakukan pengawas dengan membangun pola hubungan kolega, menciptakan sistim kolaborasi dengan kepala sekolah dan guru, memperbaiki asumsi guru, penyusunan jadwal secara sistimatis, memanfaatkan sarana prasarana dengan baik (3) implementasi supervisi klinis benar-benar dapat meningkatkan kompetensi pedagogik Guru Agama terlihat dari beberapa fakta perubahan pada guru semakin kreatif menyusun perencanaan dan pelaksanaan serta laporan mengajar berbasis ICT. Hasil pengujian hipotesis tersebut membenarkan bahwa ada pengaruh Implementasi Supervisi Klinis terhadap Kompetensi Pedagogik Guru Agama pada tabel 4.11 uji hipotesis dengan Coefficientsa, dapat dinilai 0,000 < 0,05, ini menandakan bahwa H1 diterima dan Hₒ ditolak artinya koefisien pengaruh