Berdasarkan hasil penelitian Wahid Foundation, Yenny Wahid di tengah kegiatan workshop desa inklusi di Grage Hotel Cirebon yang bekerja sama dengan Komunitas Gerakan Desa Membangun (GDM) pada tahun 2016 lalu, menyampaikan bahwa kecenderungan masyarakat dalam berpandangan dan berperilaku intoleran yang dibungkus atas nama agama terus meningkat, terlebih hal itu dibuktikan dengan adanya rilis beberapa media yang menyebutkan bahwa provinsi Jawa Barat menjadi salah satu provinsi dengan kasus intoleransi dan radikalisme tertinggi di Indonesia. Sebagai provinsi dengan mayoritas penduduknya beragama Islam ditambah dengan banyaknya lembaga pendidikan pesantren, jelas hal ini kontra produktif. Dalam kajiannya ini, penelitian ini ingin menunjukkan bagaimana proses pembelajaran atau pendidikan pada pondok pesantren dalam merespon wacana intoleransi dan radikalisme atas nama agama agar dapat menepis pondok pesantren itu dianggap sebagai “sarang teroris”. Melalui metode kualitatif dan pendekatan lapangan yang dilakukan pada pondok pesantren Al-Asy’ariyah Wanayasa dan ponpok pesantren Nurul Jadid Bojong ini diuraikan bahwa masih terdapat pandangan dalam pondok pesantren yang belum siap menerima dan memproses pembelajaran dengan pendekatan inklusif sehingga hal ini memberikan dampak pada pemahaman keagamaan yang belum cukup terbuka.