Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui implementasi pendidikan karakter bertoleransi antarumat beragama melalui kegiatan sekolah di SDN Inpres 6.88 Perumnas 2 Kota Jayapura. Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif dengan pendekatan  pedagogik. Sumber data penelitian ini adalah kepala sekolah, para tenaga pendidik dan kependidikan, peserta didik, dan orang tua peserta didik. metode pengumpulan data yang digunakan adalah wawancara, observasi, dan dokumentasi. Teknik pengolahan dan analisis data dilakukan melalui empat tahapan, yaitu: pengumpulan data, reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa implementasi pendidikan karakter bertoleransi antarumat beragama pada peserta didik melalui kegiatan sekolah terintegrasikan ke dalam dua kegiatan, yaitu: Pertama, kegiatan pengembangan diri diwujudkan dalam kegiatan rutin (berjabat tangan, berdoa setiap hari di akhir pembelajaran, doa bersama, english day, baca senyap, senam waniambey, dan peringatan hari besar agama), kegiatan spontan (menegur peserta didik yang tidak membaur dengan teman lain, membuat kelompok sendiri, dan melakukan tindakan intoleran, serta membiasakan peserta didik untuk memiliki kepedulian sosial terhadap temannya), keteladanan guru, dan pengkondisian (pemasangan poster dan slogan yang berkaitan dengan sikap toleransi dan pembentukan kelompok belajar). Kedua, pengintegrasian nilai toleransi ke dalam mata pelajaran dilakukan dengan cara mencantumkan nilai toleransi ke dalam silabus dan RPP.