Penelitian ini bertujuan untuk mengungkapkan proses pengambilan keputusan, pengelolaan kelembagaan, pengelolaan program, proses belajar mengajar, proses Assesmen, hubungan kerjasama dan partisipasi, sikap kemandirian, keterbukaan, keberlanjutan program, dan prestasi akademik maupun non akademik siswa Madrasah Aliyah Program Khusus Syaikh Zainuddin NW Anjani, Lombok Timur NTB. Data dikumpulkan melalui observasi, wawancara, dokumentasi dan dianalisis berdasarkan model analisis interaktif yang dikembangkan oleh Miles & Huberman (1994) yang meliputi, reduksi data, display data, dan penarikan kesimpulan/verifikasi. Hasilnya kemudian dikaitkan dengan dengan kriteria yang ditetapkan dengan langkah-langkah editing, koding, dan tabulasi. Hasil penelitian mengungkapkan bahwa: (1) Proses pengambilan keputusan berbagai kebijakan madrasah terutama dalam penyusunan program, rencana anggaran belanja madrasah, pengelolaan kurikulum, dan pengelolaan sumber daya masih belum dapat dilaksanakan sepenuhnya. (2) Dalam proses pengelolaan kelembagaan, tugas dan tanggungjawab belum banyak dilakukan dengan baik walaupun sudah terdapat kewenangan yang jelas dan pasti, sehingga sering terjadi tumpang tindih dalam tugas dan tanggungjawab. (3) Dalam proses pengelolaan program, pelaksanaan program belum bisa sepenuhnya melibatkan warga madrasah khususnya para guru dan pegawai. (4) Dalam proses belajar mengajar, pengelolaan kelas masih sulit dilaksanakan dengan baik karena kurangnya ruangan. (5) Dalam proses Assesmen, bentuk Assesmen dan pelaksanaan telah mengalamai peningkatan dari tahun sebelumnya. (6) Dalam proses kerjasama dan partisipasi, telah terbentuk jaringan kerjasama serta pelaksanaannya dengan cukup baik. (7) Proses akuntabilitas madrasah baik terhadap warga madrasah maupun terhadap masyarakat terlihat masih kurang. (8) Dalam proses kemandirian, madrasah sudah sangat mandiri mengelola pendidikannya. (9) Proses keterbukaan madrasah kurang begitu mendapat perhatian, sehingga muncul anggapan bahwa madrasah tidak bisa bekerjasama dengan pihak lain. (10) Proses program keberlanjutan sudah baik, dimana kepala madrasah beserta warga madrasah lainnya selalu melakukan inovasi-inovasi baru untuk membenahi program yang sudah ada sebelumnya. (11) Nilai raport siswa sudah mengalami peningkatan yang signifikan, namun karya ilmiah siswa masih minim.