Pesantren sebagai salah satu lembaga pendidikan agama yang lahir  para calon cendekiawan Muslim, mereka juga memiliki mandat untuk melaksanakan misi pendidikan berdasarkan Pasal 1 (1) UU No. 20 tahun 2003 yaitu mengembangkan potensi siswa untuk memiliki kekuatan spiritual yang religius, pengendalian diri, kepribadian, kecerdasan, karakter mulia dan keahlian yang dibutuhkanya, masyarakat, bangsa dan negara. Sebutan Pesantren sebagai Subkultur oleh Tuan Guru Haji Muzakkar Idrismenunjukkan bahwa Pesantren sangat erat kaitannya dengan masyarakat baik yang diperkotaan terkhusus pedesaan dan dikampung-kampung.Sebab jika dilihat dari latar belakang munculnya adalah tumbuh dan berkembang dari, oleh dan untuk masyarakat.Mulanya berfungsi sebagai literate society pusat pemberantasan buta huruf bagi masyarakat di sekitarnya hingga berkembang menjadi cultural literacy benteng pertahanan masyarakat melalui kebudayaan yang menjadi ciri khas keislaman di Nusantara. Pesantren juga sebagai center of civilize Muslim dengan diwujudkan dalam bentuk khazanah intelektual yang menjadi ciri khas pesantren berupa tradisi kitab kuning, sanad keilmuan, dan tradisi lainnya. Kitab kuning menjadi sarana yang menghubungkan ulama dalam rantai penyebaran pengetahuan keislaman dalam membangun sebuah peradaban.Tradisi kitab kuning dan hubungan guru murid tersebut menjadi penopang utama dalam membangun tradisi pesantren.Bahwa hubungan guru murid tersebut menjadi satu kesatuan dengan kitab kuning dalam menjaga ketersambungan sanad dalam transmisi keilmuan.Komponen-komponen tersebut saling melengkapi, bukan suatu pertentangan apalagi bertolak belakang.