Kurangnya bahan ajar menyebabkan pemahaman peserta didik pada materi biologi khususnya sistem ekskresi manusia termasuk dalam kategori kurang. Sehingga peneliti mengembangkan bahan ajar mandiri yang berupa modul pembelajaran biologi terintegrasi problem based learning dilengkapi dengan tes diagnostik multiple choice two tier pada materi sistem ekskresi manusia untuk siswa kelas VIII SMP N 1 Boja. Jenis penelitian research and development (R&D) mengacu pada model pengembangan Sugiyono (2015) yang dimodifikasi oleh peneliti. Tahapan model pengembangan meliputi: potensi dan masalah, pengumpulan data, desain produk, validasi desain, revisi desain, uji coba produk, revisi produk dan uji coba pemakaian. Penilaian hasil validasi modul oleh dosen ahli dan guru IPA biologi memperoleh kriteria sangat layak, dengan presentase ahli materi 96%, ahli media 83%, ahli instrumen 89% dan guru IPA biologi 97%. Apabila dirata-rata maka hasilnya 91,25%. Kelayakan modul juga dapat dinilai dari hasil tanggapan siswa kelas kecil 93,33%. Sedangkan untuk kelas besar, uji kelayakan modul dengan cara perbandingan hasil pre-test dan post-test. Hasil pre-test 68% sedangkan hasil post-test 88% mengalami peningkatan. Sehingga dapat dikatakan bahwa modul yang dikembangkan sangat layak. Pre-test dan post-test juga dapat digunakan untuk mengetahui tingkat miskonsepsi. Hasil tingkat miskonsepsi pre-test memperoleh pemahaman 72%, miskonsepsi 4%, menebak 2% dan tidak paham 22%. Sedangkan hasil miskonsepsi post-test pemahaman 91%, miskonsepsi 3%, menebak 1% dan ketidak pahaman 5%.