Penelitian ini difokuskan pada aspek pembelajaran berdasarkan kurikulum 2013 yang meliputi penyusunan perencanaan pembelajaran, pelaksanaan pembelajaran  dan evaluasi proses dan hasil pembelajaran. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui implementasi kurikulum 2013 dalam aspek proses pembelajaran di Madrasah Ibtidaiyah, Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah di Kabupaten Jepara dan untuk mengetahui faktor-faktor pendukung dan faktor-faktor penghambatnya serta untuk mengetahui upaya-upaya apa yang sudah dilakukan untuk mengatasi hambatanhambatan tersebut oleh para pengelola madrasah. Pendekatan penelitian ini adalah kualitatif dengan jenis deskriptif analitis, yang akan menghasilkan data berupa kata-kata, gambar-gambar dan sebagian besar bukan angka-angka kalaupun ada angka hanya sebatas sebagai pelengkap agar penggambaran tentang suatu obyek penelitian menjadi mudah dipahami. Penelitian ini dilakukan di madrasah pendampingan yaitu: Madrasah Ibtidaiyah Hasyim Asy’ari Bangsri, MTs Matholibul Huda Mlonggo dan MA Matholibul Huda Mlonggo, ketiganya berada di wilayah kabupaten Jepara bagian utara. Sedang teknik yang dipakai oleh peneliti dalam pengumpulan data adalah observasi, wawancara dan dokumentasi, adapun teknik analisis data, peneliti  menggunakan pola dari Milles dan Huberman, yaitu dengan tiga alur kegiatan yang berjalan bersamaan, berlangsung secara terus menerus sampai penelitian selesai yaitu reduksi data, penyajian data dan penarikan kesimpulan atau verifikasi. Dari data yang berhasil dikumpulkan, kemudian dianalisis dan ditarik kesimpulan, bahwa guru madarasah baik MI, MTs, maupun MA sebagian sudah melaksanakan dengan sangat baik dan lengkap, sebagian sudah melaksanakan baik dan agak lengkap, tetapi sebagian masih ada yang melaksanakan dengan prosentase kecil, bahkan ada yang belum melaksanakan, meskipun prosentasenya kecil, hal tersebut disebabkan oleh banyak faktor diantaranya adalah derajat pemahamanya masih rendah dan masih heterogen, hanya sebagian kecil yang sudah memahaminya, bahkan ada sebagian kecil yang belum paham, serta faktor sarpras/media pembelajaran yang belum memadai sebagai pendukung penting dalam pembelajaran saintific.