Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif, dengan mengambil latar MAN Yogyakarta II sebagai tempat penelitian. Subyek penelitian ini adalah kepala sekolah, guru PAI, dan siswa MAN Yogyakarta II. Sedangkan obyek penelitiannya adalah penerapan nilai kepedulian lingkungan dalam pembelajaran PAI di MAN Yogyakarta II. Pengumpulan data dilakukan dengan mengadakan observasi, wawancara, dan dokumentasi. Penelitian ini menggunakan pendekatan fenomenologis. Metode berfikir dalam analisis data penelitian bersifat induktif dengan menghimpun dan menggabugkan kata-kata khusus menjadi kesatuan informasi serta digabungkan dengan teknik triangulasi data. Hasil penelitian menunjukkan:(1) Nilai kepedulian lingkungan akan  masuk pada diri peserta didik dan akan menjadi nilai karakter apabila diajarkan secara terus menerus dan dikerjakan bersama-sama secara serentak dengan semua warga sekolah dan keluarga. Peran PAI dalam penerapan nilai peduli lingkungan juga sangat berpengaruh terhadap cara berfikir dan cara bersikap siswa di kehidupan sehari-hari diluar maupun didalam lingkungan sekolah. (2) faktor penghambat implementasi nilai kepedulian lingkungan adalah (a) waktuyang relativ singkat, (b) Perbedaan karakter siswa, (c) kurangnya pengawasan diluar sekolah. Sedangkan faktor pendukungnya adalah: (a)visi dan misi madrasah, (b) APeL (Agen Peduli Lingkungan), (c) Reward and Punishment, dan (e) kegiatan ekstrakurikuler.