Para peneliti menulis sejarah dengan pendekatan rekonstruktif. Penjelasan Martin van Bruinessen (2002) mengenai genealogi radikalisme Islam kontemporer di Indonesia, adalah salah satu contohnya. Para sejarawan berasumsi bahwa perjalanan sejarah adalah sebuah kontinuitas, di mana satu mata rantai peristiwa dengan mata rantai  yang lain saling menyambung. Menggunakan pendekatan teori sejarah dekonstruktif, tulisan ini hendak memberikan catatan dan koreksi terhadap pendekatan rekonstruktif tadi. Pendekatan ini menolak segala prakonsepsi mengenai kesatuan dan kontinuitas sejarah yang selama ini justru dijadikan pegangan kebenaran. Pertanyaan yang hendak dijawab dalam paper ini adalah bagaimana menjelaskan bahwa pendekatan sejarah dekonstruktif berimplikasi pada uraian topik genealogi pemikiran radikalisme di Indonesia secara mendasar? Penjelasan dekonstruktif sejarah akan memperlihatkan adanya keanekaragaman dan diskontinuitas dalam struktur pemikiran, kerangka berpikir, serta ideologi dan kekuasaaan dalam sejarah gerakan dan pemikiran radikalisme di Indonesia.