Pesantren sebagai sebuah kultur ataupun sub kultur dalam penjalanannya mengalami perkembangan yang cukup signifikan, baik dalam sistem pengajaran maupun manjememen kelembagaan. Pada sistem pengajaran, pesantren mengalami perubahan selain karena menerapkan model salaf seperti sorogan dan wetonan tetapi juga karena mengadopsi model madrasi. Dengan menggunakan metodologi kepustakaan, tujuan penulisan artikel ini adalah untuk mengetahui penguatan manajemen pesantren dalam mewujudkan lembaga pendidikan alternatif ideal. Hasil dari penelitian ini menujukan bahwa pesantren menerapkan pengelo-laannya dengan pendekatan manajemen modern, karena pada awal-awal berdirinya pesantren, hampir seluruh pesantren di Indonesia menerapkan pola kepemimpinan karismatik yang terpusat pada sosok pengasuh (kiai), namun saat ini model kepemimpinan yang diterapkan mengalami perubahan karena pesantren menerapkan model kepemimpinan kolektif. Oleh kerena itu, banyak yayasan di dalam pesantren yang menerapkan kepemimpinan kolektif. Kata Kunci: manajemen pesantren, kepemimpinan pesantren, lembaga pendidikan alternative Pesantren as a culture or sub-culture, within its enactment, has developed quite significantly, both in the teaching system and institutional management. In the teaching system, pesantren have undergone changes not only for applying the salaf based learning model such as sorogan and wetonan but also for adopting the madrasi’s model. As it used Literature review based methodology, this study aims to strengthen the pesantren’s management in realizing an ideal alternative educational institutions. The results of this study indicate that pesantren or Islamic boarding schools utilizes modern based management approach, because in the early development of pesantren, it implemented a charismatic leadership pattern centered on the role-modeling figure of a caregiver (kiai). However, the leadership model itself has changed into a collective leadership model. Due to this reason, some educational foundations of pesantren apply such collective leadership.