Sigfinifikansi tulisan ini berupaya untuk mengkonseptualisasi proses hegemoni dalam penetapan kebijakan pendidikan pesantren di Indonesia dan peran elit pesantren (intelektual organik) sebagai suatu kelompok yang kontra hegemonik terhadap kelompok kepentingan dalam tubuh pemerintahan. Tulisan ini diangkat untuk memberikan sumbangan pemikiran terkait konsep mengenai politik kebijakan pendidikan Islam, hegemoni dan kontra hegemoni dalam kebijakan pendidikan Islam agar dapat dikaji dan dikembangkan ke arah yang lebih komprehensif dan holisitik. Perspektif Hegemoni dari Antonio Gramsci dipakai untuk menganalisis apa ayang terjadi dalam proses munculnya kebijakan. Menggunakan metode kualitatif deskriptif dengan instrumen utama dokumentasi, penulis melihat telah terjadi rangkaian hegemoni dan kontra hegemoni yang kompromistik antara pemerintah dan pesantren. Meskipun model kompromistik ini bukan hal baru dalam penetapan kebijakan, namun model kompromi yang dianut lebih cenderung radikal karena pemerintah memberikan kebebasan yang luas terhadap bentuk maupun model sistem pendidikan pesantren.